ネウロイの巣を破壊した戦いで魔法力を失った宮藤芳佳。501部隊が解散した後、彼女は故郷の扶桑へ戻り、久しぶりに平穏な日々を送っていたが、かつての上官だった坂本たちの計らいで歐州の醫(yī)學(xué)校へ留學(xué)することになる。海軍兵學(xué)校で坂本の生徒だった服部靜夏と一緒に再び歐州へ向かう宮藤。一方、かつての501部隊の隊員たちも各地に散り、それぞれの生活を送っていたが、宮藤の再渡歐や新たなネウロイの兆候をキッカケに、再び集まり始める。そんなとき、歐州を旅する宮藤と靜夏の前に、強大なネウロイが出現(xiàn)、宮藤はかつてない最大の危機に陥ってしまう